Людям Икс, во главе с профессором Чарльзом Ксавьером, приходится вступить в битву с самой эволюцией в лице их воскресшего товарища по команде… Джин Грэй, возрожденная в облике Темного Феникса, представляет опасность не только для самой себя, но и для мутантов и для всей человеческой расы. А когда наконец найдено возможное лекарство — то, что может предотвратить генетические мутации — наступает время решающей битвы между Людьми Икс, Братством Магнето и человечеством.

Они — дети атомного века, сверх люди, новое звено в цепи эволюции. Каждый из них был рождён в результате уникальной генетической мутации, наделившей их с детства необыкновенными способностями. В мире, где царят ненависть и предрассудки, мутанты — причуда науки и каприз природы. Этих изгоев ненавидят и боятся, те кто не способен понять и принять их индивидуальность. И всё же, несмотря на невежество и агрессивность масс, тысячи мутантов выживают. Под руководством профессора Чарльза Ксавьера (Патрик Стюарт), телепата с мировым именем, одарённые ученики научились контролировать и управлять своими удивительными способностями в интересах человечества. Но не все мутанты разделяют взгляды профессора: могущественный мутант Магнето, которому подвластны все металлы, собрал команду единомышленников. Он не верит, что люди и мутанты когда-либо смогут мирно сосуществовать. Они разработали план, чтобы осуществить захват власти над миром, и тогда, только ученики профессора Ксавьера смогут защитить этот мир…

Мутанты продолжают борьбу против общества, которое страшит их, и которому они не доверяют. Их положение становится еще более отчаянным, когда они подвергаются мощной атаке неизвестного противника, обладающего экстраординарными способностями. Внезапное нападение снова становится причиной политического и общественного резонанса по поводу введения повсеместной регистрации мутантов и причиной образования движения против мутантов, возглавляемого Уильямом Страйкером, бывшим военным, который, по слухам, проводил опыты над мутантами. Работа Страйкера была каким-то образом связана с таинственным прошлым Логана, которое он не помнит. Как только Росомаха начинает пытаться разгадать свое прошлое, Страйкер активирует свою программу, направленную против мутантов, т. е. организует штурм на дом профессора Ксавье. Сбежавший из пластиковой тюрьмы Магнето предлагает Людям Икс объединиться и сражаться вместе против их общего устрашающего врага Страйкера. На этот раз Люди ИКС сталкиваются с самой серьезной задачей, которая когда-либо стояла перед ними: сейчас в их руках судьбы не только всех мутантов, но и всего человечества.

Фильм рассказывает о неистовом и романтичном прошлом Росомахи, его сложных отношениях с Виктором Кридом и о зловещей программе Оружие Х. При этом Росомаха встречается со многими мутантами, уже знакомыми и новыми, и узнает несколько легенд о мире Людей Икс.